Sezon 2009 200px|right|thumb|Pagdatis podczas turnieju w Brisbane, 2009 Kolejny zawodowy sezon Pagdatis rozpoczął od IV rundy w Australian Open. W drodze do tego etapu rozgrywek zdołał wyeliminować Juliena Benneteau, Robina Söderlinga i Mardy'ego Fisha. Spotkanie o ćwierćfinał zagrał z Novakiem Đokoviciem, który pokonał Pagdatisa 6:1, 7:6(1), 6:7(5), 6:2. Na początku lutego Pagdatis awansował do ćwierćfinału turnieju w Johannesburgu, lecz mecz o półfinał przegrał z Davidem Ferrerem. Kolejny ćwierćfinał Cypryjczyk osiągnął w Delray Beach, a zmierzył się w nim z Jérémym Chardym, któremu uległ w dwóch setach.
Wielkoszlemowy Roland Garros Pagdatis zakończył na I rundzie odpadając z Juanem Mónaco. Następnie Pagdatis nie wziął udziału w Wimbledonie z powodu kontuzji kolana.
Na korty cypryjski tenisista powrócił podczas cyklu US Open Series. Wystartował w Indianapolis, ale odpadł z turnieju w I rundzie z Wayne'em Odesnikiem. W Los Angeles doszedł do II rundy rozgrywek, wygrywając najpierw z Frankiem Dancevicem, a potem przegrywając z Johnem Isnerem. Na początku sierpnia wygrał rozgrywki kategorii ATP Challenger Tour w Vancouver, pokonując w finale Xaviera Malisse'a. W US Open Pagdatis nie wystąpił. We wrześniu zwyciężył w imprezie ATP Challenger Tour w Saint-Remy, pokonując w finale Malisse'a.