Lata 90. to rozwój firmy pod względem jakości: dwa certyfikaty jakości ISO 9001 (od SGS Yarsley i PCBC), cztery godła Teraz Polska, Polska Nagroda Jakości, złote medale MTP dla wielu produktów. W 1990 roku zatrudnienie przedsiębiorstwa osiągnęło rekordowy stan 4950 pracowników.
3 lipca 2001 roku przedsiębiorstwo przekształcono w jednoosobową Spółkę Skarbu Państwa – spółkę akcyjną, której jedynym akcjonariuszem został Skarb Państwa.
W wyniku procesu prywatyzacji 27 stycznia 2005 roku akcje Zelmer S.A. zadebiutowały na Giełdzie Papierów Wartościowych w Warszawie. 25% akcji przyznano tzw. stabilnemu inwestorowi finansowemu, co miało zabezpieczyć Zelmer przed wrogim przejęciem przez konkurencję. Pakiet ten przypadł w udziale PEF V Zelmer Holdings z grupy Enterprise Investors zarejestrowanej 29 października 2004. Fundusz zainwestował w spółkę łącznie 28,7 mln euro w ramach oferty publicznej przeprowadzonej przez Skarb Państwa oraz późniejszego wezwania ogłoszonego przez fundusz. Akcje Zelmera w swoich portfelach miały też fundusze emerytalne OFE PZU Złota Jesień (9,6 proc.) i Aviva OFE (7,8 proc.).