Odkrycia dokonał jeden z uczniów Dōgena, Kōun Ejō, który opracował je pod tytułem Hōkyōki (Zapiski ery Baojing). Pierwsza kopia datowana jest na 9 grudnia 1253.
W 1227, mając 28 lat, Dōgen powrócił do Japonii. Drogę powrotną do ojczyzny odbył sam, gdyż Myōzen zmarł w 1225.
Początkowo, do 1230, Dōgen przebywał w założonym przez Eisai'a klasztorze Kennin-ji. Później przeniósł się do świątyni Fukakusa Anyōin, w której sam nauczał. Tam również rozpoczął pisanie swojego wielkiego dzieła, Shōbōgenzō (Oko i Skarbiec Prawdziwego Prawa), które w zamierzeniu Dōgena miało być kompletnym i wielostronnym przedstawieniem Prawa Buddy. Shōbōgenzō, jako pierwsze dzieło religijne w Japonii, zostało napisane w języku japońskim. Obok Shōbōgenzō napisał też szereg pism niezależnych, z których najbardziej znany jest Fukan Zazen-gi napisany przez Dōgena tuż po powrocie z Chin w świątyni Kennin-ji w Kyoto jesienią 1227| strony = 45. Następnie Dōgen przeniósł się do Kannon Dōri Kōshōhōrinji (Kōshō-ji). Dōgen chciał uczynić z Kōshō-ji klasztor, w którym praktykuje się prawdziwy buddyzm i tam dołączył doń m.in. Ejō, jego najbliższy uczeń i jedyny spadkobierca jego Prawa.