W 1243 na skutek prześladowań uznanych instytucji religijnych Dōgen przeniósł się do prowincji Echizen (obecnie prefektura Fukui), gdzie założył klasztor Eihei. Z krótką przerwą przebywał tam aż do 1253, kiedy w bardzo złym stanie zdrowia wyruszył w celu podjęcia leczenia do Kioto. Zmarł w Kioto w domu świeckiego wyznawcy.
Linia przekazu Dharmy zen thumb|Dōgen Zenji Pierwsza liczba oznacza liczbę pokoleń od pierwszego patriarchy chan w Indiach Mahakaśjapy.
Druga liczba oznacza liczbę pokoleń od pierwszego patriarchy chan w Chinach Bodhidharmy.
Trzecia liczba oznacza początek nowej linii przekazu w innym kraju. 34/7. Qingyuan Xingsi (660–740) 35/8. Shitou Xiqian (700–790) autor poematu Cantong qi 36/9. Yaoshan Weiyan (751–834) (także Yueshan) 37/10. Yunyan Tansheng (770–841) 38/11. Dongshan Liangjie (807–869) Szkoła caodong 39/12. Yunju Daoying (zm. 902) 40/13/1. Sŏngak Hyŏngmi (864–917) Korea 40/13/1. Chinch’ŏl Iŏm (869–936) Korea. Szkoła sumi san 40/13. Tong’an Daoying (bd) 41/14. Tong’an Guanzhi (bd) 42/15. Liangshan Yuanguan (bd) 43/16. Dayang Jingxuan* (943–1027) (*także Jingyan) 44/17Fushan Fuyuan został wliczony w tę linię przekazu;