Od września 1939 do lipca 1944 wieś znalazła się pod okupacją niemiecką jako część Generalnego Gubernatorstwa. W latach II wojny światowej w konopnickim lesie miały miejsce mordy dokonywane przez Niemców. W dniach 16 czerwca 1941 r. i 8 maja 1942 r. hitlerowcy rozstrzelali kilka osób.
21 czerwca 1941 roku przybyła do Konopnicy zmotoryzowana kolumna niemiecka oddziałów SS, a następnie zakwaterowała się na plebanii, w ogrodzie probostwa oraz na cmentarzu kościelnym i w kościele. Esesmani zajęli plebanię, usunęli z niej służbę i rozpoczęli poszukiwania ks. Nikodema Domańskiego, tropionego już od 1939 roku zastępcę proboszcza. Hitlerowcy zabronili ludności wstępu do kościoła i rozpoczęli świadomą i zorganizowaną profanację świątyni: ubierali się w szaty liturgiczne, wykonując wyuzdane ruchy i tańce powtarzali łacińskie słowa pieśni religijnych, w jednej z naw urządzili sobie z siana miejsce do spania, w środkowej nawie myli się, ubierali i czyścili buty, natomiast na chórze w organach urządzili sobie klozet. Zbezcześcili tabernakulum wyrzucając z niego puszki z komunikantami, które następnie łamali, rozrzucili, deptali, podpalali papierosami. Monstrancja została obdarta z ozdobnych kamieni i srebra. Zniszczono również portatyle z relikwiami świętych, splugawiono statuę Matki Bożej znajdującą się w wielkim ołtarzu.