Po latach przerwy, w latach 60. XX wieku zespoły Uniwersytetu w Chartumie i Uniwersytetu w Calgary wznowiły wykopaliska i odkryły kolejne części starożytnego miasta. W latach 1992–1993 prace prowadzili naukowcy z Uniwersytetu Humboldtów w Berlinie. Prowadzone w XXI wieku badania archeologiczne i prace konserwatorskie w Meroe mają charakter międzynarodowy i realizowane są przede wszystkim w ramach programu Misji Katarskiej na Rzecz Piramid w Sudanie (, QMPS), której celem jest m.in. zbadanie stu piramid w nekropolii królewskiej w Meroe.
Prace wykopaliskowe prowadzone są również przez polskich archeologów, którzy m.in. od 2004 współpracują z Misją Royal Ontario Museum i Uniwersytetem w Chartumie, a w latach 2006–2007 współpracowali z Misją Deutsches Archäologisches Institut.
W 2011 roku stanowisko archeologiczne na wyspie Meroe zostało wpisane na listę światowego dziedzictwa UNESCO. Stanowisko obejmuje trzy obszary wykopalisk: samo miasto i nekropolię oraz dwa sąsiadujące z nim osiedla i ośrodki religijne w Musawwarat es-Sufra i Naqa. Stanowisko obejmuje najlepiej zachowane pozostałości architektury z okresu królestwa Kusz: piramid, świątyń, pałaców oraz budynków mieszkalnych i gospodarczych z okresu od VIII wieku p.n.e. do IV wieku n.e.