Fabuła Serial opowiada historię fikcyjnego zespołu agentów „MCRT” (naczelnego zespołu dochodzeniowego) mało znanej agencji o nazwie „Naval Criminal Investigative Service”. Agencja ta zajmuje się przestępstwami związanymi z Marynarką Wojenną, a także ściganiem terrorystów. Akcja serialu dzieje się najczęściej w siedzibie Navy Yard w Waszyngtonie. Serial oparty został na koncepcji znanej z serii „CSI”, jednak wyróżnia go większy nacisk na sylwetki bohaterów.

Szefem „MCRT” i zarazem głównym bohaterem serialu jest agent specjalny Leroy Jethro Gibbs. Jego prawą ręką w zespole jest agent specjalny Anthony DiNozzo. Z retrospekcji widz ma okazję poznać historię agencji i zespołu. Pierwotnie szefem „MCRT” był agent specjalny Michael Franks. To on zwerbował Gibbsa do NIS (poprzedniczki NCIS). W roku 1996 agent Franks przeszedł na emeryturę i opuścił agencję. Szefem zespołu zostaje wówczas Gibbs. W jego skład wchodzi początkowo agent Burckley, którego pięć lat później zastąpi policjant z Baltimore – Tony DiNozzo. Agent DiNozzo miał wielu partnerów. W serialu JAG towarzyszyła mu agentka Vivian Blackadder. W pierwszych dwóch seriach „Agentów” jego partnerką była pracująca dawniej w Secret Service agentka Caitlin Todd. Po jej śmierci w finale sezonu drugiego do zespołu dołącza oficer łącznikowy Mossadu.