Ponadto na początku serii drugiej do zespołu Gibbsa dołączył nowicjusz, specjalista od nowinek technicznych, agent Timothy McGee. Z zespołem stale współpracuje patolog – dr Mallard oraz jego asystent James Palmer, który zastąpił postrzelonego w pierwszym sezonie Geralda Jacksona. Niezastąpiona w zespole jest Abby Sciuto – królująca w swoim laboratorium specjalistka od kryminalistyki.
Obecnie dyrektorem NCIS jest Leon Vance. Pierwszym dyrektorem (w serialu) jest Thomas Morrow, który jednak na początku trzeciego sezonu opuszcza agencję po otrzymaniu oferty posady zastępcy szefa Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego. Jennifer Shepard zostaje nowym dyrektorem NCIS na początku trzeciego sezonu, zostaje także pierwszym dyrektorem, który dołączył do głównej obsady. Kiedy Shepard zostaje zastrzelona w finale piątego sezonu, dowództwo agencji przejmuje ówczesny wicedyrektor – Leon Vance z San Diego.