Przebieg akcji Pierwsza sprawa, którą rozwiązuje NCIS, dotyczy zabójstwa porucznik Singer. Bohaterowie zostają wprowadzeni w dwóch odcinkach ósmego sezonu serialu JAG – Wojskowe Biuro Śledcze. Początkowo odcinki „Ice Queen” oraz „Meltdown” pełniły funkcję pilota, lecz później tę rolę przejął odcinek „Yankee White”. W odcinkach pilotażowych główny bohater serialu JAG, czyli Harmon Rabb, jest podejrzany o zabójstwo porucznik Singer. Sprawę prowadzi Gibbs z ekipą. Postać agentki Vivian Blackadder nie spodobała się publiczności, dlatego w pierwszym odcinku serialu zamiast niej, pojawia się nowa postać – agentka Kate Todd. W odcinkach Agentów NCIS akcja serialu tyczy się głównie spraw kryminalnych, podczas gdy serial JAG koncentruje się na wydarzeniach z sali sądowej.
Sezon 1 Pierwszy sezon to przedstawienie głównych bohaterów oraz metod ich pracy. W pierwszym odcinku („Zastępca”) oprócz agentki Todd, widz poznaje agenta FBI – Tobiasa Fornella. Pierwsza sprawa dotyczy zabójstwa na Air Force One, którego świadkiem była Caitlin Todd, agentka Secret Service. Sprawę chcą prowadzić aż trzy agencje (NCIS, Secret Service oraz FBI), dlatego zespół Gibbsa porywa samolot, aby móc pracować na własną rękę.