Jerzego w Mieszkowicach, który stanowił samodzielną parafię. Pod koniec XV wieku, zgodnie z powinnościami książęcymi, mieszkańcy wsi dostarczali na zamek w Prudniku 8 fur siana.
Według urbarza zamkowego Prudnika z 1534, mieszkańcy Mieszkowic byli zobowiązani płacić daninę księciu oraz właścicielowi zamku w Prudniku. Oddawali także dziesięcinę proboszczowi. Część wsi należała do Georga von Lindewiesa. W 1561 właścicielem Mieszkowic została Rada Miejska Prudnika. W 1586 został zbudowany obecny kościół św. Jerzego, wówczas jako protestancki zbór (przejęty przez katolików w 1629). Pomimo kontrreformacji, Mieszkowice wraz z Szybowicami stanowiły najsilniejsze ośrodki protestantyzmu w okolicy. mały|upright|Pieczęć Mieszkowic (1722) 13 marca 1598 Prudnik był zmuszony odsprzedać Mieszkowice, Rudziczkę i Włókna Joachimowi Mettichowi, panu na zamku w Łące Prudnickiej. Joachim Mettich uzyskał w 1606 prawo do warzenia piwa w Mieszkowicach, a Martin Kruschem przywilej wódczany. Pomimo przynależności do rodziny Mettichów, mieszkańcy Mieszkowic jeszcze w 1633 byli zobowiązani czyścić prudnickie rowy zamkowe za posiłek i odprowadzać dziesięcinę biskupom nyskim. Do 1742 wieś należała do powiatu sądowego prudnickiego w Monarchii Habsburgów.