Parafia Miłków erygowana została przez bpa Edwarda Materskiego 31 sierpnia 1991 r. W jej skład weszły miejscowości z dotychczasowych parafii Szewna (Miłków, Jędrzejów) oraz Wszechświęte (Rżuchów). Pierwszym proboszczem tej placówki został ks. Andrzej Bąk. W 2010 r. bp Krzysztof Nitkiewicz oddzielił od parafii Miłków sołectwo Jędrzejów, tworząc tam samodzielny rektorat terytorialny pw. św. Franciszka w Jędrzejowie, mianując rektorem ks. Andrzeja Chuchnowskiego.
25 września 1992 roku pani Marianna Lasota dokonała darowizny działki przy obecnej ulicy Ostrowieckiej w Miłkowie pod budowę kościoła. Kościół parafialny pw. Niepokalanego Serca Maryi zbudowany został w latach 1993-1995 wg projektu arch. Wojciecha Słabonia. Kamień węgielny poświęcił i wmurował bp Marian Zimałek 11 lipca 1993 r. Nad całością prac budowlanych czuwał ks. Andrzej Bąk. Uroczystego poświęcenia kościoła dokonał bp Wacław Świerzawski w 1995 r. Od 1996 roku proboszczem parafii został ks. Stanisław Gaweł, który kontynuował prace duszpasterskie, budowlane i wykończeniowe.