Historia W XV wieku wieś należała do Krzesława z Kurozwęk herbu Róża a później do Wojciecha Padniewskiego. Następnie weszła w skład Ordynacji Myszkowskich. Pierwszym jej dziedzicem po rozpadzie ordynacji w 1813 roku był Jan Olrych Szaniecki, a kolejnymi m.in.: Józef Lubowidzki, Aniela Florentyna Kobylańska i Leokadia SielskaRobert Zwierzyniecki, Zarys historii wsi parafii Szaniec, Kraków 2017, s. 19,20.. Na terenie wsi znajdował się dwór, datowany na przełom XVIII i XIX. Do dworu należały wówczas trzy osady młynarskie, każda złożona z młyna, stodół, chlewów, mieszkania młynarza, jak również funkcjonowała cegielnia. Do dziś z zespołu dworskiego nic nie pozostało. W 1827 r. wieś Młyny posiadała 46 domów i 360 mieszkańców.
W 1864 roku car Aleksander II Romanow wydał dekret o uwłaszczeniu włościan w Królestwie Polskim. Na mocy tego dekretu zniesiono pańszczyznę, a wieś Młyny stała się własnością mieszkających w niej rolnikówRobert Zwierzyniecki, Zarys historii wsi parafii Szaniec, Kraków 2017, s. 20..
Folwarki w Młynach i Pomykowie posiadały 1170 mórg z czego grunty orne i ogrody stanowiły 627 mórg, łąki -121 mórg, pastwiska – 117, powierzchnie stawów wynosiły 11 mórg, lasu 197 mórg. W Młynach występowały pokłady torfu i wapienia.