W tym czasie odnowiono okna witrażowe; odtworzony został również znajdujący się w górnej części budowli wykusz, w którym dawniej znajdował się dźwig do transportowania ciężkich materiałów na poddasze. Zrekonstruowano brakującą sygnaturkę na dachu, a innej przywrócono pierwotny kształt. Renowacji poddany został także XVI-wieczny ołtarz główny (po konserwacji którego umożliwiono otwieranie i zamykanie skrzydeł zabytku). Likwidacji uległo podwyższenie w prezbiterium z lat 60. XX wieku, a w miejscu dawnej kotłowni powstała sala multimedialna. Największy remont bazyliki od czasu zakończenia odbudowy kościoła ze zniszczeń po II wojnie światowej trwał trzy lata, zakończył się w 2020 roku i kosztował prawie 20 milionów złotychZakończył się wielki remont kościoła Mariackiego. „Uratowaliśmy bazylikę”..
W 2019 rozpoczęła się renowacja i konserwacja kamiennej posadzki, tworzonej w głównej mierze przez kilkaset płyt nagrobnych, kryjących miejsca pochówku 6 tys. osób pochowanych w kościele do początku XIX wiekuPosadzki w kościele Mariackim w Gdańsku. Konserwator zabytków wstrzymał prace.. Uszkodzenia płyt spowodowane zostały m.in. zniszczeniami wojennymi (zawaleniem się sklepień), czynnikami geologicznymi, upływem czasu i zapadaniem się dawnych miejsc pochówku.