Najnowsze dzieje Świątynia przeszła w ręce Kościoła rzymskokatolickiego na mocy decyzji Rady Narodowej z 29 stycznia 1946. Dziesięć lat po konsekracji kościoła 20 listopada 1965 papież Paweł VI podniósł kościół Mariacki do godności bazyliki mniejszej, a 2 lutego 1987 stał się konkatedrą diecezji, a od 1992 Metropolii Gdańskiej. Od 1979 proboszczem Bazyliki Mariackiej był ksiądz infułat Stanisław Bogdanowicz, dzięki któremu do wnętrza powróciła znaczna część średniowiecznych zabytków ruchomych, po wojnie przejęta przez placówki muzealne Polski i Niemiec. W październiku 2014 kolejnym proboszczem został ks. Zbigniew Zieliński, którego z kolei zastąpił w grudniu 2015 ks. prałat Ireneusz Bradtke.
W 2017 przystąpiono do czyszczenia elewacji świątyni i wymiany pokrycia dachowego (ponad 7 tys. m kw. i ok. 100 tys. dachówek), które zakończyły się jesienią 2018 roku, a ich koszt wyniósł 15 mln zł brutto. W ramach prac odciążono mury, rezygnując z betonowych elementów konstrukcyjnych, zainstalowanych po wojnie w miejsce spalonych drewnianych (obecnie pozostały tylko stalowe)Bazylika Mariacka ma nowy dach. „Spadł nam z serca wielki ciężar”..