Po kampanii wrześniowej Niemcy wydali znaczki ze sloganem: Gdańsk jest niemiecki i te także przedstawiały znane budowle tego miasta.
Zniszczenia wojenne i odbudowa Podczas walk o Gdańsk w marcu 1945, w wyniku ostrzału artyleryjskiego, spłonęły drewniane konstrukcje dachów, runęło 40% sklepień, stopiły się niektóre dzwony, w tym największy Gratia Dei ważący 5300 kg, odlany w 1453. Część wyposażenia uległa zniszczeniu bądź rozproszeniu, eksponaty znajdują się m.in. w Muzeum Narodowym w Warszawie.
W 1946 rozpoczęto odgruzowywanie wnętrza i zabezpieczanie filarów i zachowanych sklepień, po czym podjęto odbudowę, którą kierował prof. Stanisław Obmiński, a od 1950 inż. arch. Marian Kossakowski. W tym czasie na dachu położono około 200 tys. dachówekArchiwalne zdjęcia Bazyliki Mariackiej. Pomogą w remoncie dachów..
17 listopada 1955 nastąpiło poświęcenie świątyni i przekazanie jej wiernym, ale prace trwały nadal, m.in. rekonstruowano hełmy wieżyczek i dach wieży.
Powracało stopniowo uratowane wyposażenie, odkryto fragmenty gotyckiej polichromii. W latach 1982–1983 ściany i sklepienia pokryto warstwą bieli wapiennej.