Cykliczne przemarsze wojsk spowodowały epidemie cholery w latach 1625, 1626 i 1634. W 1740 roku Śląsk zajęły Prusy, pod których władzą znalazła się również Pielgrzymka. Podczas wojny siedmioletniej (1756–1763) przez Pielgrzymkę przeszły kolejno żołnierze armii austriackiej a następnie pruskiej każdorazowo konfiskując żywność. Na kwaterze w Pałacu zatrzymał się wówczas król pruski Fryderyk II Wielki i generał Hans Joachim von Ziethen. Kolejne przemarsze wojsk przez Pielgrzymkę miały miejsce w okresie napoleońskim. W maju 1813 roku w Pałacu nocował król pruski Fryderyk Wilhelm III i car Aleksander. W dniu 15 maja 1896 roku uruchomiono linię kolejową z Jerzmanic-Zdroju do Nowej Wsi Grodziskiej, w Pielgrzymce otwarta została stacja kolejowa W latach 90. XIX w. do wsi doprowadzono elektryczność. W dniu 12 lutego 1945 roku wieś po krótkich walkach zajęły od strony zachodniej wojska radzieckie. Podczas walk wybuchł pożar Pałacu, który poważnie naruszył jego konstrukcję. Poza zniszczeniem Pałacu we wsi obyło się bez większych zniszczeń. Jeszcze tego samego dnia z rejonu Pielgrzymki i Wojcieszyna Armia Czerwona przeprowadziła atak na Złotoryję.