W czasach krzyżackich Pień był wójtostwem, a od 1414 roku prokuratorią komturstwa bierzgłowskiego. Z tego powodu powstał tu prawdopodobnie w tym okresie, niewielki zamekKrzyżacki zamek w Pniu został wyodrębniony podczas badań archeologicznych przeprowadzonych w 2007 roku przez zespół Instytutu Archeologii UMK w Toruniu. Była to drewniana budowla mieszkalno-obronna krzyżackiego prokuratora (1411–1422) posadowiona na planie prostokąta o wymiarach 14,5 × 11,5 m.. Od 1416 roku podlegał komturstwu toruńskiemu, pozostając nadal siedzibą prokuratorii. Podczas wojny golubskiej dokumenty krzyżackie wspominały, że zamek był w złym stanie technicznym. Z powodu działań wojennych z Królestwem Polskim i zagrożenia atakiem przez starostę bydgoskiego Janusza Brzozogłowego, zamek w Pniu został przez Krzyżaków opuszczony i spalonyObecnie nie pozostał po zamku żaden ślad, poza niewielkim wzniesieniem na skarpie jeziora Reptówka, będącego starorzeczem Wisły..