Po zakończeniu wojny trzynastoletniej w 1466 roku miejscowość została włączona do Królestwa Polskiego. Posiadał ją wówczas szlachecki ród Elżanowskich. Wieś należała początkowo do parafii bolumińskiej lub czarżańskiej, a po 1466 – ostromeckiej. W 1613 roku Pień od Łukasza Elbanowskiego, chorążego chełmińskiego kupiła ksienia (przełożona klasztoru żeńskiego) Magdalena Mortęska dla klasztoru benedyktynek w ChełmnieZakupiła ponadto okoliczne wsie: Czarże, Janowo, Czemlewo.. Posiadłość przekazano w dzierżawę rodziny von Lewińskich, która dzierżyła go prawdopodobnie aż do 1882 roku. Arendarz von Lewiński wzniósł budynek mieszkalny, karczmę-sklep i zabudowania gospodarcze. W 1618 roku we wsi urządzono staw przepływowy z młynem wodnym.
Po wojnach szwedzkich Pień został zrujnowany i zszedł do rangi drobnego folwarku, który od 1772 roku wraz z całą Ziemią Chełmińską podlegał jurysdykcji Królestwa Prus. Skonfiskowany folwark o powierzchni ok. 120 ha (w tym ok. 20 ha lasu) przeszedł pod zarząd pruskiej domeny królewskiej. Teren rozdzielono między dzierżawców wieczystych. Do majątku Pień, którego obszar wynosił 390 ha, należała też część sąsiedniej wsi zwanej Słończ Pieński. Od 1850 folwark należał do Karola Augusta Eistaedta, a od 1882 do Hermanna Bolta. Powstała w tym czasie nowa zagroda folwarczna.