Po demobilizacji kontynuował studia na Uniwersytecie Warszawskim. W 1922 przeniósł się na Uniwersytet Poznański, gdzie w 1924 ukończył studia, uzyskał doktorat i rozpoczął pracę. Pracował w Zakładzie Anatomii Patologicznej, a następnie od 1927 do 1940 w Klinice Pediatrii. W 1925 i 1928 prowadził badania naukowe w Paryżu, gdzie badał skuteczność i nieszkodliwość szczepionki BCG. W 1928 habilitował się z pediatrii, a w 1939 został profesorem. W 1940 przesiedlony do Warszawy, gdzie w kwietniu 1941 zorganizował Centralne Laboratorium Gruźlicy, a w grudniu otworzył pierwszy w Polsce oddział leczenia dziecięcej gruźlicy płuc, prowadzony na poziomie kliniki. W tym samym czasie prowadził kurs bakteriologii na Tajnym Uniwersytecie Ziem Zachodnich.
Rozstrzelany przez Niemców w Szpitalu Wolskim podczas rzezi Woli. Pochowany w zbiorowej mogile na podwórzu szpitala. Po powstaniu, w marcu 1945 jego ciało zostało ekshumowane i przeniesione na cmentarz Powązkowski, później na cmentarz parafialny zabytkowy Jeżycki w Poznaniu (kwatera L-13-48).
Dorobek naukowy mały|Grób prof. Janusza Zeylanda na cmentarzu Jeżyckim w Poznaniu