Microsoft promował Windows 2000 jako najbezpieczniejszą wersję systemu Windows w momencie premiery. Mimo to system stał się celem wielu głośnych ataków wirusowych, takich jak Code Red i . Windows 2000 został zastąpiony przez Windows XP po niespełna półtora roku, w październiku 2001. Z kolei Windows 2000 Server doczekał się następcy – Windows Server 2003 – dopiero w marcu 2003 roku, czyli ponad trzy lata po pierwotnym wydaniu. Przez 10 lat od premiery Windows 2000 regularnie otrzymywał , aż do zakończenia cyklu wsparcia 13.07.2010 r., tego samego dnia, w którym zakończono wsparcie dla Windows XP SP2.
Zmieniony kernel Windows 2000 został również zastosowany jako baza oprogramowania systemowego w oryginalnym Xboxie oraz Xboxie 360. Kod źródłowy Windows 2000 wyciekł w 2020 roku.
Historia Windows 2000, początkowo nazwany Windows NT 5.0, stanowi kontynuację rodziny systemów operacyjnych Microsoft Windows NT, zastępując Windows NT 4.0. Bill Gates, ówczesny prezes i dyrektor generalny Microsoftu, początkowo był „dość pewien”, że Windows NT 5.0 zostanie wydany w pierwszej połowie 1998 r. Już na początku 1997 r, rozesłano pierwsze wersje beta, które w praktyce były identyczne z Windows NT 4.0. Pierwsza oficjalna beta została opublikowana we Wrześniu 1997, a następnie Beta 2 w Sierpniu 1998..