m.in. przemysł elektrotechniczny, skórzany, spożywczy (browar i mleczarnia). Do 2016 roku Braniewo było jedyną miejscowością na Warmii mogącą się poszczycić własnym ogrodem zoologicznym (zlikwidowanym).
Przemysł w Braniewie składa się głównie z małych firm. Z zakładów produkcyjnych można wymienić miejscowy (wielokrotnie zmieniający właścicieli: EB, Browar Namysłów, Grupa Żywiec, w 2020 znów wystawiony na sprzedaż) browar oraz fabrykę mebli Okmed. Przez miasto przebiega normalnotorowa oraz szerokotorowa linia kolejowa (nr 217), co pozwoliło wybudować w Braniewie terminale przeładunkowe, takie jak Polfrost Terminal, Logistic Port Braniewo, Cargosped, Glob-Terminal.
W 2011 roku nieopodal Braniewa rozpoczęto poszukiwanie gazu łupkowego. Od końca marca 2011 do czerwca 2011 roku na zlecenie Talisman Energy 115 pracowników Geofizyki Kraków prowadziło w okolicach Braniewa badania sejsmiczne. W listopadzie 2011 roku między Rogitami a Młotecznem powstał odwiert Rogity-1. Badania geologiczne przeprowadzone w latach 2011–2014 potwierdziły występowanie na głębokości 3 km złóż nie tylko gazu łupkowego, ale również pokładów ropy naftowej. Wyniki badań określono jako „wysoce zachęcające”.