W 1496 Filip i jego młodsza siostra Małgorzata Austriacka weszli w związki małżeńskie z dziećmi Ferdynanda Aragońskiego i Izabeli Kastylijskiej: Małgorzata poślubiła księcia don Juana, zaś Filip jego młodszą siostrę – Joannę Kastylijską. Przedwczesna śmierć następcy tronu don Juana, a następnie Izabeli I sprawiły, że Joanna została królową Kastylii. W 1504 Filip wraz z małżonką udali się tam, by uroczyście zainaugurować swe rządy. Ich panowanie nie trwało jednak długo – Filip zmarł już w 1506, zaś Joanna została uznana za niezdolną do sprawowania władzy (wskutek obłędu) i od 1507 w Kastylii regencję w imieniu córki sprawował Ferdynand Aragoński. W Niderlandach zaś, w imieniu syna Filipa i Joanny, wówczas 6-letniego Karola, rządy sprawowała siostra Filipa – Małgorzata Austriacka.
Na początku 1515 młody Karol został uznany za pełnoletniego i wówczas przejął ster rządów w Niderlandach. Rok później, po śmierci Ferdynanda Kastylijskiego, przypadł mu tron hiszpański. Po śmierci cesarza Maksymiliana I w 1519, Małgorzata czyniła zabiegi o sukcesję dla swego bratanka. Ostatecznie w 1530 Karol, jako Karol V, został uznany cesarzem. W ten sposób, na skutek splotu wydarzeń i powiązań dynastycznych Niderlandy w I poł. XVI wieku stały się elementem największej wówczas monarchii.