Pochodzenie nazwy Toponim Trzebuń jest nazwą dzierżawczą, utworzona od nazwy osobowej – imienia Trzebon ≤ Trzebomysł, Trzebosław, za pomocą formantu –jь. Obecność tego właśnie formantu tłumaczyłaby obecna postać wygłosowego –ń. Nazwa po raz pierwszy odnotowana w 1398 roku – Trsebon. Jeszcze w wieku XIX notowane były dwie postacie tej nazwy: Trzebuń albo TrzebońE. Breza, Toponimika powiatu kościerskiego, Gdańsk 1974, s. 119..
Historia Wieś, a w zasadzie jej część, zaliczana była do kasztelanii gdańskiej, aczkolwiek w przywileju księcia Mściwoja II z roku 1284 jej nazwa nie została wymieniona. Poświadczenie źródłowe pochodzi dopiero z czasów krzyżackich, kiedy to Trzebuń należał do komornictwa mirachowskiego. Zakon Szpitala Najświętszej Marii Panny nadał wówczas wsi prawo chełmińskie (niemieckie) w miejsce prawa polskiego, utrzymanego w niektórych wsiach. Po pokoju toruńskim z roku 1466 Trzebuń ponownie znalazł się w granicach Polski i znajdował się w obrębie starostwa parchowskiego. Wieś nigdy nie była ani własnością szlachecką, ani kościelną, lecz królewską.