W latach 2000–2002 do biblioteki powrócił depozyt z 1947 roku przechowywany i udostępniany w Bibliotece Uniwersyteckiej Uniwersytetu Mikołaja Kopernika.
Lokalizacja W ciągu 400 lat biblioteka elbląska zmieniła swoją siedzibę wielokrotnie. Pierwszą siedziba było stare gimnazjum nienadające się już do celów dydaktycznych. Następnie w 1882 siedzibę biblioteki przeniesiono na dzisiejszą ul. Królewiecką. Od 1915 roku do końca II wojny światowej biblioteka mieściła się w budynku po dawnym Urzędzie Celnym przy Große Lustgarten 6 (obecnie plac Wolności, u zbiegu ulic Rycerskiej i Giermków). Po II wojnie światowej w latach 1945–-1948 mieściła się przy ulicy Chopina, a w 1950 roku przeniesiono zbiory na ulicę Łączności 2. Od 1979 roku kompleks biblioteczny mieści się zabytkowym kompleksie budynków przy ulicy Wigilijnej 5-7 i Zamkowej 1 w skład którego wchodzi między innymi budynek dawnego kościoła św. DuchaPiotr Skurzyński "Warmia, Mazury, Suwalszczyzna" Wyd. Sport i Turystyka - Muza S.A. Warszawa 2004 s. 37 . W 2019 roku został wykonany remont zabytkowych budynków w ramach którego wymieniono dach, okna i drzwi, wykonano montaż izolacji przeciwwilgociowej oraz iluminację budynku.