Sekwencjonowanie rejonu mikrosatelitarnego chromosomu Y pozwala uzyskać dużo bardziej precyzyjne dane niż tylko mapowanie alleli. Badania te przeprowadza się jednocześnie. Chromosom Y dziedziczy się tylko w prostej linii od ojca, dziadka, pradziadka itd. Ten, u kogo po raz pierwszy wystąpiła haplogrupa R1a1, jest praojcem każdego mężczyzny, który posiada R1a1. R1a1 powstała w ewolucji ludzi tylko jeden raz u tylko jednego człowieka. Wszyscy posiadacze R1a1 to jego potomkowie w linii ojcowskiej.
Również w krajach Europy północnej R1a1 występuje z częstością 10–20%, przy czym najwyższe częstości odnotowano w Norwegii i Islandii, ale jest to mniej niż połowa częstości jej występowania u Polaków. Istnieją przypuszczenia, iż ta haplogrupa została tam rozprzestrzeniona przez wikingów i Słowian.
W Indiach haplogrupa R1a1 jest spotykana zarówno wśród populacji najwyższych kast (około 45%, wśród braminów w Uttar Pradesh, Biharze ponad 60%, Bengalu Zachodnim ponad 70%) jak i plemion (12%–4%). Znacznie wyższe procenty są wśród ludów na północ od Indii, co może wskazywać na kierunek rozprzestrzeniania się R1a1 do Indii.