W 1856 roku biskupem janowskim został o. Piotr Paweł Szymański. W 1864 rząd carski przeprowadził kasatę 16 klasztorów męskich i 6 domów sióstr Felicjanek. Wobec biskupa stosowano represje polityczne, a 22 maja 1867 roku ukazem cara Aleksandra II diecezja podlaska została skasowana, a jej terytorium włączono do diecezji lubelskiej. Od 1880 roku biskupi lubelscy byli także administratorami diecezji janowskiej, a w 1889 roku papież Leon XIII złączył kanonicznie terytorium diecezji janowskiej z lubelską.
24 września 1918 roku papież Benedykt XV przywrócił diecezję podlaską. W 1919 roku w Janowie otwarto Seminarium Duchowne. W 1923 roku w diecezji było 181 parafii i 18 dekanatów. 25 stycznia 1924 roku na mocy bulli papieża Piusa XI przeniósł stolicę biskupią do Siedlec. W 1925 roku zmieniono nazwę diecezji na Siedlecka czyli Podlaska.
25 marca 1992 roku na mocy bulli papieża Jana Pawła II, Totus Tuus Poloniae Populus, zmieniono nazwę diecezji na Siedlecka i włączono ją w skład nowej metropolii lubelskiej oraz wyłączono 48 parafii dla diecezji drohiczyńskiej.