Jest on następcą prawnym zborów, organizacji i gmin baptystycznych działających na obecnym terytorium RP przed dniem 1 września 1939 roku.
Ekumenizm Kościół jest członkiem Polskiej Rady Ekumenicznej od chwili jej powstania i jest jednym z członków założycieli tej organizacji. Aktywnie uczestniczył w przedsięwzięciach Rady aż do początku lat 80., kiedy zaangażowanie to uległo osłabieniu, a baptyści niemalże wycofali się z prac PRE. Złożyło się na to kilka czynników. Nastąpiła zmiana pokoleniowa we władzach PKChB, a odchodzące pokolenie nie potrafiło przekonać do idei ekumenicznej młodszego pokolenia. Młodzi liderzy baptystyczni ulegali bardziej niż poprzednicy wpływom antyekumenicznej Południowej Konwencji Baptystycznej. Największy sprzeciw wobec członkostwa w PRE wychodzi ze zborów na Białostocczyźnie.
Ustrój Kościoła thumb|Wnętrze kościoła baptystów przy ulicy Waliców 25 w Warszawie
Podstawową jednostką organizacyjną Kościoła jest zbór. Jednym z warunków zaistnienia zboru jest deklaracja ze strony 25 pełnoprawnych członków Kościoła. Obecnie największymi zborami baptystycznym są: I zbór we Wrocławiu oraz zbór w Białymstoku, które liczą ponad 300 członków.