Kościół skupia blisko 5300 pełnoprawnych członków (baptyści nie wliczają do swych statystyk nieochrzczonych dzieci i młodzieży).

Zbory skupione są w Okręgach Kościoła.

Naczelną władzą Kościoła jest Krajowa Konferencja Kościoła posiadająca uprawnienia uchwałodawcze, która co 4 lata ma charakter wyborczy, m.in. wybiera przewodniczącego Rady Kościoła, który wchodzi w skład Rady Kościoła wraz z 9 przedstawicielami okręgów Kościoła oraz Komisję Rewizyjną. Naczelną władzą wykonawczą Kościoła jest Rada Kościoła. Przewodniczący Rady Kościoła od roku 1945 do chwili obecnej: 1945–1968 – Aleksander Kircun 1968–1980 – Michał Stankiewicz (3 kadencje) 1980–1984 – Piotr Dajludzionek 1984–1985 – Michał Stankiewicz (wykonywanie urzędu przerwane śmiercią) 1985–1987 – Piotr Dajludzionek 1987–1995 – Konstanty Wiazowski (2 kadencje) 1995–1999 – Grzegorz Bednarczyk 1999–2007 – Andrzej Seweryn (2 kadencje)