Po odsunięciu grupy zwolenników Władysława Gomułki we władzach PPR został zmuszony do złożenia w sierpniu 1948 tzw. samokrytyki, lecz pozostał w strukturach partyjnych, zostając po 16 grudnia 1948 zastępcą członka Komitetu Centralnego utworzonej wówczas Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej. Bolesław Bierut zarzucał mu, w oparciu o materiały Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, prowadzenie działalności frakcyjnej poprzez rozmowy o charakterze antyradzieckim i antysemickim z innymi członkami KC.
W oświadczeniu dla Biura Politycznego KC PPR, 28 sierpnia 1948 Mieczysław Moczar stwierdził:
Związek Radziecki nie jest tylko naszym sojusznikiem, to jest powiedzenie dla narodu. Dla nas, dla partyjniaków Związek Radziecki jest naszą Ojczyzną, a granice nasze nie jestem w stanie dziś określić, dziś są za Berlinem, a jutro na GibraltarzeGomułka i inni, Dokumenty z archiwum KC 1948–1982, Aneks Publishers, Londyn 1987, , s. 36..