Pewna część tych osób zgłaszała się też do konsulatu japońskiego, usiłując zdobyć wizę do Japonii. Japonia w tym czasie zachowywała neutralność w stosunku do kwestii żydowskiej i domagała się posiadania wiz jedynie od osób nie posiadających wystarczających funduszy lub takich, które złamały procedury emigracyjne. Większość uciekinierów nie spełniała tych kryteriów. Sugihara kontaktował się trzykrotnie z centralą w Japonii w celu uzyskania instrukcji dotyczących dalszego postępowania. Za każdym razem ministerstwo odpowiadało, że wszystkie osoby, którym przyzna się wizy, powinny dostać jedynie wizy tranzytowe, tylko z prawem przejazdu przez Japonię. Od tej reguły miało nie być wyjątków. thumb|Tablica pamiątkowa na budynku dawnego konsulatu japońskiego w Kownie

Począwszy od 29–31 lipca Sugihara zaczął przyznawać wizy z własnej inicjatywy, korzystając jedynie z pomocy żony. Wielokrotnie łamiąc instrukcje, które wydało Tokio, przyznawał Żydom 10-dniowe wizy tranzytowe, umożliwiające przejazd przez Japonię.