Podczas pobytu w Harbinie poślubił rosyjską emigrantkę Klaudię, z którą się rozwiódł przed powrotem do Japonii. Po przybyciu do ojczyzny poślubił Yukiko Kikuchi.
Litwa thumb|Budynek dawnego konsulatu japońskiego w Kownie W latach 1936–1938 pracował w placówkach w Moskwie i Helsinkach, a w 1939 r. Sugihara został wicekonsulem w Kownie na Litwie. Równocześnie powierzono mu zadanie obserwowania ruchów wojsk sowieckich i niemieckich. Sugihara współpracował także z Oddziałem II Sztabu Głównego WP w ramach większej operacji współdziałania polsko-japońskiego w zakresie wywiadowczym. W listopadzie 1939 nawiązał kontakt z oficerem II Oddziału, Leszkiem Daszkiewiczem.
Gdy Armia Czerwona okupowała Litwę 15 czerwca 1940, wielu żydowskich uciekinierów z Polski usiłowało dostać wizę wyjazdową z ZSRR. Bez tego dokumentu podróż była prawie niemożliwa i niebezpieczna, ponadto większość krajów nie chciała przyjmować osób nie posiadających takich wiz. Holenderski konsul Jan Zwartendijk umożliwił niektórym z nich udanie się do Curaçao – holenderskiej wyspy na Karaibach oraz do Surinamu jako krajów trzeciego przeznaczenia, gdzie nie trzeba było mieć wiz wjazdowych.