Według innych źródeł doszło do konfrontacji dwóch rabinów z wysokimi rangą generałami japońskimi, którzy mieli zadecydować o losie Żydów będących na uchodźstwie na terenie Japonii. Dzięki niebywałemu szczęściu oraz odwadze i sprytowi udało się rabinom przekonać generałów, iż Żydzi, ze swoimi azjatyckimi korzeniami, w świetle agresywnych idei „czystości rasy” są bliżsi Japończykom niż Niemcy, co w rezultacie odegnało ponure widmo prześladowań w Japonii. Jednym z tych rabinów był emigrant, który uciekł z Litwy dzięki pomocy Sugihary.
Rezygnacja thumb|Paszport czechosłowacki z wizą, którą w 1940 r. wydał dyplomata Sugihara thumb|Sugihara na litewskim znaczku pocztowym (2004) thumb|Port of Humanity Tsuruga Museum Japońskie MSZ, ciągle potrzebujące językowych i organizacyjnych zdolności Sugihary, postanowiło się wstrzymać z jego dyscyplinarnym ukaraniem. Sugihara został przeniesiony na stanowisko konsula generalnego w Królewcu. Następnie pełnił funkcję konsula generalnego Japonii w Pradze w Protektoracie Czech i Moraw (od marca 1941 do końca 1942) i był członkiem poselstwa w Bukareszcie w Rumunii (1942–1944). Kiedy Armia Czerwona wkroczyła do Rumunii w sierpniu 1944, Sugihara został uwięziony razem z rodziną w obozie jenieckim na 18 miesięcy.