Jeszcze źródła z XVII wieku odnotowywały w pobliżu Zajezierza jezioro zwane Lesno.
Nazwa Zajezierze ma charakter topograficzny. Elżbieta Kowalczyk-Heyman zwróciła uwagę, że mogła ona powstać dopiero po przekształceniu dużego zakola Wisły w starorzecze, a następnie w jezioro. Proces ten znajduje odzwierciedlenie zarówno w dawnych źródłach pisanych, jak i kartograficznych. Przemiany koryta Wisły spowodowały, że tereny położone pierwotnie po jej prawym brzegu znalazły się z czasem po stronie lewego brzegu rzeki.
W XVI wieku Zajezierze było wsią królewską należącą do starostwa stężyckiego. Rejestr poborowy z 1569 roku wykazywał we wsi dwa łany. W 1588 roku, przy nadaniu starostwa stężyckiego Marcinowi Trojanowskiemu, wśród należących do niego wsi położonych na lewym brzegu Wisły wymieniono Łęg, Zajezierze i Wojciechów.
W XVII wieku wieś nadal należała do starostwa stężyckiego. Lustracja województwa sandomierskiego z lat 1660–1664 odnotowała przy Zajezierzu jezioro Lesno, określone jako bezrybne. Z 1760 roku zachował się ponadto pomiar gruntów wsi Rokitno, Kletnia, Łęg, Zajezierze, Wólka i Przewóz należących do starostwa stężyckiego.
W 1827 roku Zajezierze liczyło 40 domów i 278 mieszkańców.