Pod koniec XIX wieku Słownik geograficzny Królestwa Polskiego odnotował 49 domów, 355 mieszkańców i 428 mórg ziemi.

W XIX wieku okolice Zajezierza zostały włączone w system fortyfikacji Twierdzy Dęblin, noszącej w okresie zaboru rosyjskiego nazwę Iwangorod. W 1847 roku na terenie obecnego cmentarza parafialnego wzniesiono pięcioboczny fort Gorczakowa, zabezpieczający lewobrzeżne przedpole twierdzy i przeprawę przez Wisłę. W latach 1879–1887 w okolicy zbudowano kolejne forty pierścienia obronnego, a w latach 90. XIX wieku w Zajezierzu powstał rozległy kompleks koszarowy dla piechoty i artylerii. Pozostałością dawnego zespołu koszarowego są m.in. budynki wykorzystane później na kościół parafialny i ośrodek zdrowia.

Grodzisko Na terenie Zajezierza znajduje się wczesnośredniowieczne grodzisko, figurujące w ewidencji archeologicznej jako Zajezierze, stanowisko 1, nr AZP 71-74/1. Stanowisko obejmuje również ślady osadnictwa z epoki brązu i wczesnej epoki żelaza, natomiast sam obiekt obronny datowany jest na okres od XI do XIII wieku.