Wieś szlachecka położona była w 1580 roku w powiecie poznańskim województwa poznańskiegoAdolf Pawiński, Polska XVI wieku pod względem geograficzno-statystycznym, Wielkopolska t. I, Warszawa 1883, s. 42..
Z zapisów parafialnych dowiedzieć się można o kolejnych właścicielach dóbr Zajączkowa - w 1580 roku swoje działy posiadali Stanisław i Maciej Wojnowscy herbu Nałęcz i Kasper Potulicki herbu Grzymała, którzy niestety niezbyt należycie dbali o posiadłości Zajączkowa. W 1670 roku władanie wsią przejął Jan Przedzyński herbu Jastrzębiec, kanonik poznańskiej Kolegiaty Św. Michała, który odbudował drewniany kościół oraz plebanię. W XVII w. postawił on, na dawnych fundamentach z pali, dwór murowany oraz zabudowania gospodarcze typu stajnie, obory, powozownie i warsztaty potrzebne do funkcjonowania majątku, a także unormował w swoim testamencie statut prawny kościoła w Zajączkowie i pozostałych dóbr dworskich. Wśród właścicieli posiadłości zajączkowskich pod koniec XVII wieku odnajdujemy również Teresę Drozdowską, a także kolejnych kolatorów – Franciszka Ignacego Rzymowskiego i Mariannę Zakrzewską. Od drugiej połowy XVIII wieku majątkiem zarządzała rodzina Żółtowskich herbu Ogończyk, dokonując zmian i ulepszeń w pałacu i przyległych zabudowaniach, a także dobudowując drugie skrzydło pałacu.