Wojenne losy Wybuch II wojny światowej zahamował wiele dzieł i planów. Lotniska dla potrzeb wydawnictwa nie udało się zbudować, natomiast radio niepokalanowskie wznowiło działalność dopiero w marcu 1995 r. Na blisko 6 lat przerwana została działalność wydawnicza klasztoru. Jedynym wyjątkiem było zezwolenie niemieckie na druk Rycerza Niepokalanej w grudniu 1940 r. Wydrukowano wówczas 120 tys. egzemplarzy miesięcznika, z możliwością rozpowszechniania wyłącznie na terenie dystryktu warszawskiego. Ten „wojenny” numer Rycerza otrzymał nietypowe oznaczenie: grudzień 1940/styczeń 1941.
W latach wojny i okupacji klasztor był miejscem schronienia dla żołnierzy, rannych w trakcie kampanii wrześniowej oraz dla wielu uchodźców, bez względu na ich narodowość czy wyznanie. M.in. na przełomie 1939/1940 r. przez kilka miesięcy przebywała w Niepokalanowie grupa ok. 1500 Żydów, wysiedlonych z Wielkopolski, którym zakonnicy zapewnili dach nad głową i otoczyli opieką. Działania wojenne nie ominęły również samych mieszkańców klasztoru. O. Maksymilian Kolbe aresztowany w lutym 1941 r. wraz z 4 innymi zakonnikami, zginął w obozie w Auschwitz pół roku później.