Liczne kontrole, rabunek mienia i groźby niemieckie stały się ponurą, wojenną codziennością.
Franciszkanie, pozbawieni możliwości prowadzenia akcji wydawniczej, skoncentrowali się na rozwijaniu działalności usługowej dla okolicznej ludności. Naprawiano maszyny rolnicze, motocykle, rowery, zegarki, działał tartak, stolarnia i mleczarnia, funkcjonował zakład krawiecki, istniał też punkt Czerwonego Krzyża. Klasztorna piekarnia bez przerwy dostarczała chleb wszystkim potrzebującym. Ponadto zorganizowano pomoc dla więźniów i uchodźców, prowadzono również tajne kursy nauczania.
Po wybuchu powstania warszawskiego założono w klasztorze duży dom noclegowy. Trafiali do niego zarówno ranni w walce, powstańcy pochodzący z rozbitych oddziałów, rodziny, które straciły swe domy oraz wojenne sieroty. Poważnym wyzwaniem logistycznym w warunkach okupacyjnych było zapewnienie żywności dla wszystkich poszukujących schronienia, zwłaszcza dla pozbawionych rodzin sierot, które nie miały dokąd się udać.