Już pod koniec wojny (w styczniu 1945 r.) Niepokalanów został zbombardowany przez rosyjskie lotnictwo. W następstwie ataku poniosło śmierć 6 zakonników, z których część próbowała znaleźć schronienie w wykopach pod fundamenty przyszłego kościoła. Kilku innych franciszkanów zostało rannych, natomiast zniszczeniu bądź poważnemu uszkodzeniu uległo wiele budynków klasztornych, kaplica, piekarnia, centrala telefoniczna i przewody elektryczne.
Okres Polski Ludowej Po zakończeniu wojny klasztor szybko reaktywował swoją działalność wydawniczą. W lipcu 1945 r. wznowiono druk „Rycerza Niepokalanej”, którego nakład osiągnął niebawem 700 tys. egzemplarzy. Wydano też książki poświęcone o. Maksymilianowi (Skąpiec Boży Jana Dobraczyńskiego, Dwie korony Gustawa Morcinka). Ponadto rozpoczęto edycję 12-tomowej encyklopedii zegarmistrzowskiej (1948-1980) pod redakcją dwóch braci-franciszkanów: Wawrzyńca Podwapińskiego i Bernarda Bartnika. Miejscowy, amatorski zespół teatralny wystawiał utwory sceniczne, natomiast w okresie Wielkiego Postu bracia zakonni przedstawiali Misterium Męki Pańskiej.