W 1974 do pułku zostały wprowadzone ZRP WAZA i RSWP JAWOR.
Na przełomie lat 1986 i 1987 pułk został przezbrojony w zestawy rakietowe małego zasięgu KUB i wyposażony w zautomatyzowany system kierowania ogniem ZENIT. W 1994 w ramach restrukturyzacji w pułku utworzono dywizjon przeciwlotniczy, a w 2001 kolejny, w skład którego weszło pięć baterii startowych i bateria techniczna.
W 1992 w uznaniu zasług dla miasta i regionu zgodnie z uchwałą Rady Miasta Elbląga decyzją Ministra Obrony Narodowej nr 68/MON z dnia 29 sierpnia 1992 pułk otrzymał wyróżniającą nazwę „Elbląski” (13 Elbląski pułk przeciwlotniczy). W dniu 3 września 1994 pułk otrzymał nowy sztandar, który w imieniu Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej wręczył ówczesny dowódca Wojsk Obrony Przeciwlotniczej, gen. dyw. dr Tadeusz Jauer. Sztandar przyjął dowódca jednostki Andrzej Matuszak.
W czerwcu 2001 zgodnie z zarządzeniem szefa Sztabu Generalnego WP nr 075/org./P5 z 5 maja 2001 r. w ramach realizacji 6. letniego planu restrukturyzacji Sił Zbrojnych, 13 pplot przeszedł na strukturę dywizjonową oraz dokonał zmiany strukturalnej sztabu i logistyki pułku dostosowując się do standardów NATO.