W nowej strukturze pułk przyjął z różnych jednostek Wojsk Lądowych ponad 150 żołnierzy zawodowych, w tym liczny zastęp kadry ze zlikwidowanego 55 pułku przeciwlotniczego stacjonującego w Szczecinie Podjuchach.
Do ważnych wydarzeń w 2001 należy zaliczyć wizyty takie jak: wizytę przedstawicieli Armii Rumuńskiej pod dowództwem dowódcy Wojsk Lądowych gen. broni dr. Eugena Badalana, wizytę oficerów Bundeswehry z Dowódcą Połączonych Sztabów Europy Środkowej gen. Gotz F. E. Gliemerothem oraz w listopadzie oficerów 3 Dywizji Brytyjskiej. W trakcie pobytu delegacji żołnierze zapoznawali się z organizacją i procesem szkolenia, bazą szkoleniową oraz rejonem stacjonowania pułku.
13 Elbląski Pułk Przeciwlotniczy, będący w strukturze 16 Pomorskiej Dywizji Zmechanizowanej wszedł w latach 1991–1998 z podporządkowania wojsk OPL POW w skład wojsk OPL WOW.