Jako batalion dowodzenia Rok 1994 to okres urządzania batalionu w nowym obiekcie koszarowym i w nowych strukturach organizacyjnych, pod kątem tworzenia nowej jednostki – 16 Batalionu Dowodzenia. Od 1 stycznia 1995 r. na bazie 43 Batalionu Łączności, Kompanii Ochrony Regulacji Ruchu 16 DZ, 32 Kompanii Dowodzenia Szefa OPL 16 DZ, 48 Baterii Dowodzenia Szefa Artylerii 16 DZ – rozpoczął funkcjonowanie 16 Batalion Dowodzenia 16 Pomorskiej Dywizji Zmechanizowanej im. króla Kazimierza Jagiellończyka.
W czerwcu 1995 r. batalion brał udział w zawodach na najlepiej urządzone stanowisko dowodzenia dywizji w warunkach poligonowych organizowanych przez Sztab Generalny WP. W zawodach 16 bdow zajmuje II miejsce na szczeblu WP.
14 września 1995 r. społeczeństwo miasta Elbląga ufundowało sztandar wojskowy dla jednostki, który uroczyście wręczono na placu Króla Kazimierza Jagiellończyka w ramach święta 16 PDZ. Sztandar wręczył dowódca Warszawskiego Okręgu Wojskowego gen. dyw. Julian Lewiński.
Za całokształt działalności szkoleniowo–wychowawczej w 1995 r. batalion w ramach współzawodnictwa zajął I miejsce na szczeblu 16 PDZ wśród równorzędnych pododdziałów.