19 czerwca 1996 r. został oddany do użytku kościół garnizonowy. W ceremonii poświęcenia kościoła wzięli udział: Biskup Polowy WP gen. dyw. Sławoj Leszek Głódź oraz Dowódca Warszawskiego Okręgu Wojskowego gen. dyw. Julian Lewiński.
W 1996 r. batalion został poddany kontroli kompleksowej przez dowództwo i sztab WOW. W wyniku kontroli otrzymał ocenę dobrą.
We wrześniu 1996 roku część sił i środków jednostki wzięła udział w ćwiczeniach "KLON – 96", zadania swoje wykonała na ocenę dobrą. W marcu 1997 roku jednostka była poddana kontroli kompleksowej przez Sztab Generalny WP i otrzymała ocenę dobrą.
W czerwcu 1998 r. dowództwo i sztab Warszawskiego Okręgu Wojskowego przeprowadziło kontrolę mobilizacyjną, w wyniku której batalion otrzymał ocenę dobrą. Za całokształt działalności szkoleniowo–wychowawczej w 1998 r. jednostka zajęła II miejsce wśród równorzędnych jednostek na szczeblu ZT.
W dniach 22-25.06.1999 r. w Orzyszu odbyły się ćwiczenia dowódczo–sztabowe pk. "OPAL – 99". W ćwiczeniach tych brały udział wszystkie jednostki 16 DZ w tym 16 bdow. Ćwiczenia te zostały ocenione na ocenę dobrą.
We wrześniu w dniach 11-12 odbyły się obchody 80. rocznicy święta 16 DZ, które zostały połączone z otwarciem basenu "DELFIN – 2". W tych uroczystościach udział wzięli zaproszeni goście, kadra, pracownicy cywilni i żołnierze.