Okres zaborów W roku 1793 Wielkopolska znalazła się pod zaborem króla Prus Fryderyka Wilhelma. W latach 1790–1798 władze pruskie przeprowadziły konfiskatę dóbr kościelnych. Ziemie i majątki należące do biskupstwa przejął rząd pruski, który po przeprowadzeniu nowych pomiarów geodezyjnych przydzielili ziemie osadnikom niemieckim sprowadzonym z Niemiec. w wyniku nowego podziału geodezyjnego w Biskupicach utworzono majątek ziemski i 8 działek dla gospodarzy – osadników niemieckich. We wsi pozostało jedynie kilka małych gospodarstw, których właścicielami byli Polacy.
W roku 1880 Biskupice liczyły 17 dymów (domostw), w których zamieszkiwało 204 obywateli. Wśród mieszkańców było 118 ewangelików i 86 katolików. Oprócz Biskupic duchownych była wieś kolonizacyjna Biskupice królewskie (10 dymów i 121 mieszkańców).
W latach 1870–1872 na polach wsi Biskupice została zbudowana linia kolejowa łącząca Poznań z Gnieznem. Po dwóch latach od przejazdu pierwszego składu pociągów pobudowano dworzec kolejowy i budynek stacyjny (obecnie przystanek kolejowy Biskupice Wielkopolskie). Fakt ten wpłynął na to, że władze pruskie utworzyły w roku 1885 pocztę. We wsi była wówczas kuźnia, warsztat kołodziejsko – stolarski i gościniec z salką na zebrania i zabawy.