Sytuacja w Niemczech sprzyjała planom papieża. Nasilała się walka pomiędzy gibelinami a gwelfami. Oba stronnictwa wybrały i koronowały na króla swoich kandydatów. Papież nie opowiedział się wyraźnie po żadnej ze stron, jednak wydawało się, że jego sympatia skłania się ku Ottonowi IV Welfowi, synowi Henryka Lwa, który był kandydatem gwelfów. Stronnicy oponenta Ottona – Filipa Szwabskiego – wysłali do papieża list, w którym protestowali przeciwko jego mieszaniu się w sprawy obsadzenia tronu. Innocenty odpowiedział, że w tej materii dba jedynie o prawa kościoła i podkreślił, że jedynie następca Świętego Piotra ma prawo do przyznania korony cesarskiej. W 1201 papiestwo oficjalnie odpowiedziało się po stronie Ottona. Dnia 3 lipca 1201 roku legat papieski kardynał Guido z Palestriny ogłosił w katedrze w Kolonii, że Otton IV jest legalnym władcą Cesarstwa i zagroził ekskomuniką wszystkim, którzy odmówiliby uznania nowego króla.