W 1959 wprowadzono strukturę wydziałową. Powołano wydziały: Mechaniczny, Elektroradiotechniczny, Inżynierii Wojskowej i Chemii Wojskowej. W strukturze WAT funkcjonowały również katedry ogólnoakademickie: Nauk Społecznych, Nauk Ekonomicznych, Taktyki Ogólnej i Sztuki Operacyjnej, a także Studium Języków Obcych. W 1961 powstała Katedra Eksploatacji Urządzeń Automatycznych przygotowująca kadry dla potrzeb wojsk rakietowych. Rok później na jej bazie powstał oddział uzbrojenia przekształcony w 1968 w Wydział Elektromechaniczny.
W 1968 utworzono Wydział Cybernetyki. Rok później Wydział Elektroradiotechniczny przekształcono w Wydział Elektroniki. 18 grudnia 1971 sztandar Wojskowej Akademii Technicznej im. Jarosława Dąbrowskiego udekorowany został Orderem Sztandaru Pracy I klasy.
W 1974 utworzono Instytut Systemów Zabezpieczenia Technicznego. W 1988 powstał Instytut Nauk Społecznych, do którego włączono katedry: Nauk Społecznych i Ekonomicznych.