W latach 90. XX w. WAT przejął kształcenie oficerów dla potrzeb wojsk samochodowych, obrony przeciwlotniczej, wojsk łączności i radiolokacji po rozformowanych szkołach oficerskich. W latach 1996–2004 akademię przekształcono w uczelnię wojskowo-cywilną. W 1997 uruchomiono cywilne studia niestacjonarne, a od 2002 cywilne studia stacjonarne. Od roku akademickiego 2006/2007 WAT ponownie rozpoczęła kształcenie kandydatów na oficerów Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej.
Uczelnia rozbudowywała specjalistyczne i interdyscyplinarne laboratoria: Akademicki Inkubator Przedsiębiorczości, Centrum Transferu Technologii, Centrum Inżynierii Bezpieczeństwa, Krajowe Centrum Inżynierii Kosmicznej i Satelitarnej, Centrum Zaawansowanych Technologii Energetycznych, Centrum Rozpoznania i Wsparcia Walki Elektronicznej, Centrum Robotów Mobilnych oraz Centrum Certyfikacji Jakości.
W 2023 WAT otrzymała Medal „Pro Patria” w uznaniu zasług w krzewieniu postaw patriotycznych.
Decyzją Nr 112/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 26 czerwca 2026 wprowadzono odznakę okolicznościową "Medal 75-lecia Wojskowej Akademii Technicznej im. Jarosława Dąbrowskiego" .