Pierwsze krążowniki rakietowe były uzbrajane w jedyne systemy rakiet przeciwlotniczych, jakie wówczas były dostępne, o stosunkowo niewielkim zasięgu rzędu 20 kilometrów (wczesne wersje pocisków Terrier i radzieckie Wołna). W miarę postępu w tym zakresie, szczególnie w USA, szybko wyróżnikiem krążowników rakietowych stało się przenoszenie przez nie pocisków średniego lub dalekiego zasięgu, umożliwiających obronę strefową zespołów floty. W marynarce amerykańskiej stały się nimi mało rozpowszechnione pociski dalekiego zasięgu Talos (przenoszone przez siedem okrętów), nowsze wersje pocisków Terrier, a ostatecznie pociski rodziny Standard (SM). W ZSRR były to systemy Sztorm i w latach 80. Fort. Reprezentatywne dla krążowników rakietowych końcowego okresu zimnej wojny były amerykańskie pociski Standard SM-1ER i SM-2MR o zasięgu 74 km, SM-2ER o zasięgu 148 km i radzieckie Fort o zasięgu 90 km. Początkowo stosowano na krążownikach wyrzutnie dwuprowadnicowe (jednoprowadnicowe tylko w typie California), w latach 80. zastąpione w najnowszych okrętach przez wielokomorowe wyrzutnie pionowe (VLS), pozwalające na szybsze wystrzeliwanie kolejnych pocisków.