Ochrona W przeciwieństwie do klasycznych krążowników, na większości typów specjalnie budowanych krążowników rakietowych nie stosowano żadnego opancerzenia, a głównym zagrożeniem dla nich stała się nie artyleria, lecz pociski rakietowe i broń masowego rażenia. Stosowano jedynie lekkie opancerzenie ważnych dla żywotności pomieszczeń, jak centrala bojowa wewnątrz kadłuba, przy tym miało ono także chronić przed promieniowaniem w razie przewidywanej wojny atomowej. Z biegiem czasu podejmowano działania konstrukcyjne w celu zwiększenia ich odporności przeciwko pociskom rakietowym i w latach 80. amerykańskie okręty otrzymały dodatkową osłonę z lekkiego kevlaru, chroniącą wrażliwe partie. Na krążownikach typu Ticonderoga początkowa masa ochrony z kevlaru wynosiła 110 ton, a w toku służby została jeszcze wzmocniona. Wyjątkowo radzieckie wielkie krążowniki projektu 1144 (Kirow) zostały natomiast wyposażone w odpowiednio rozmieszczony pancerz o grubości dochodzącej do 100 mm i masie około 1100 ton.
Zastosowanie thumb|Amerykański lotniskowiec „Enterprise” w eskorcie dwóch krążowników typu Ticonderoga, „Philippine Sea” i „Gettysburg”