W 1564 w Młynkowie nie było kmieci. Był natomiast folwark rozległy na 12 łanów, gdzie wysiewano na jesień około 9 małdratów, a na wiosnę około 7 małdratów. Odnotowano, że we wsi były dobre łąki, z których zbierano 12 stogów siana. W miejscowości były także wielkie ogrody „dla pożytków” oraz kolejny niewielki ogród. W miejscowości mieszkało 4 zagrodników, którzy nic nie płacili, ani nie dawali w naturze, lecz zobowiązani byli do prac przy omłotach. Przy Wilczynie odnotowano także łąkę zwaną „Dębowiec”, z której zbierano 6 stogów siana i zwożono je do Młynkowa. Okolicznych lasów w Podrzewiu pilnowali sołtysi oraz rządcy (łac. „factores”) z Dusznik i Młynkowa. W 1564 koło wsi wspomniano las oraz pusty staw, do którego płynęła woda z jeziorka w Wilczynie oraz opuszczony wówczas młyn zbożowy po którym pozostał kamień.
Wskutek II rozbioru Polski w 1793, miejscowość przeszła pod władanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. Pod koniec XIX wieku Młynkowo liczyło 16 domostw i 124 mieszkańców, z czego 56 było ewangelikami, 61 katolikami a 7 żydami.