Wady i krytyka metody Mimo że metoda jest najbardziej dopracowaną i najpopularniejszą metodą szacowania wartości funkcji ocenianego programu, to nie pozostaje ona bez wad. Jedną z nich, wskazaną już przez Albrechta, jest subiektywność wartościowania złożoności typu jako niskiej, średniej lub dużej. Istotność tej wady obecnie jest niwelowana opracowaną przez IFPUG metodyką oceny złożoności (file type complexity).
Kolejnym problemem jest czasochłonność (koszt) procesu wyliczania punktów funkcyjnych, gdyż z powodu nieznanej dokładności takich wyliczeń, nie jest stosowana automatyzacja tego procesu.
Innym mankamentem jest to, że wyniki metody w przypadku małych systemów mogą być mało dokładne.
Metoda punktów funkcyjnych nie bierze również pod uwagę złożoności implementacji algorytmów działających wewnątrz systemu.
Mark II Jest to metoda rekomendowana przez CCTA(Central Computer and Telecommunications Agency), która ustala standardy dla projektów rządowych Wielkiej Brytanii. Miała ona być lepszą wersją metody Albrechta. Jednak po udoskonaleniu i znalezieniu wielu nowych rozwiązań w metodzie Albrechta, Mark II pozostał w użyciu jedynie w Wielkiej Brytanii.